Среди простейших есть аэробные (требующим кислородной среды) и анаэробные (бескислородным) формы.
У аэробных форм специализированные органеллы дыхания отсутствуют, они используют диффузию для поглощения кислорода и выделения углекислого газа.
Анаэробные формы представлены паразитами или симбионтами, населяющими пищеварительный тракт многоклеточных (обычно эти виды являются облигатными анаэробами), а также простейшими, живущими в разлагающихся органических веществах (эти виды часто являются факультативными анаэробами).
Особых органоидов дыхания у простейших нет, они поглощают кислород и выделяют углекислоту всей поверхностью тела.