Целями оккупации Германии союзниками провозглашались её денацификация, демилитаризация, демократизация, децентрализация и декартелизация. Была провозглашена также цель сохранения единства Германии.
По решению Потсдамской конференции восточные границы Германии были перенесены на запад к линии Одер-Нейсе, что сократило её территорию на 25 % по сравнению с 1937 годом. Территории к востоку от новой границы состояли из Восточной Пруссии, Силезии, Западной Пруссии, и две трети Померании. Это в основном сельскохозяйственные районы, за исключением Верхней Силезии, которая являлась вторым по величине центром немецкой тяжелой промышленности. Большая часть территорий, отторгнутых от Германии, вошла в состав Польши. В состав Советского Союза вместе со столицей Кёнигсбергом (который в следующем году был переименован в Калининград) вошла одна треть Восточной Пруссии, на территории которой была создана Кёнигсбергская (с марта 1946 — Калининградская) область РСФСР. Небольшая часть, включавшая часть Куршской косы и город Клайпеда (Клайпедский или Мемельский край, т. н. «Мемельский сектор») , была передана руководством Советского Союза в 1945 году Литовской ССР.
На Потсдамской конференции Сталин подтвердил своё обязательство не позднее трёх месяцев после капитуляции Германии (датой чего Сталин считал только 8 мая) объявить войну Японии. Воюющие с Японией США, Великобритания и Китай также подписали (опубликована 26 июля) Потсдамскую декларацию, потребовавшую от Японии безоговорочной капитуляции. 8 августа (после конференции) к декларации присоединился СССР и объявил Японии войну.
Острым вопросом, дискутировавшимся во время конференции, была проблема раздела сохранившегося флота Германии.
22-23 июля Сталин и Молотов представили на конференции территориальные претензии СССР к Турции и требование благоприятного режима для СССР в Черноморских проливах. Эти претензии не были поддержаны британской и американской стороной (хотя заключительный протокол конференции упоминает пересмотр конвенции Монтрё с учётом мнения турецкой стороны) .
В завершающий день конференции главы делегаций приняли основополагающие решения по урегулированию послевоенных вопросов, одобренные 7 августа 1945 года с определёнными оговорками Францией, не приглашённой на конференцию.