Изменения, происходившие в структуре и составе управления Сибири конца XVII-XVIII вв., начались с реформирования приказно-воеводского управления. Центральное положение в нем занимал Сибирский приказ, судья которого был главным учреждением и представлял царя в управлении краем. Компетенция воевод в Сибири, в отличие от Центральной России была значительно шире, т.к. они ведали вопросами заселения и освоения края, решали вопросы текущих дипломатических взаимоотношений с сопредельными народами и странами. Отсутствие дворянского землевладения и особенности русского расселения на огромных пространствах Сибири привели к развитому самоуправлению у переселенцев - служилого «войска», «миров» посадских людей и крестьян. Внутреннее управление ясачных «иноземцев» было сохранено в традиционном виде.
Политико-правовые преобразования Петра I привели к коренным изменениям в структуре управления Сибири. Уже в ходе губернской реформы 1711 г. был фактически ликвидирован Сибирский приказ и региональное управление было объединено в руках сибирского губернатора, что усилило иерархическую соподчиненность местных органов управления. С 1710-х гг. появились идеи отделения суда от администрации, введения коллегиальных начал в управлении, происходит становление постоянного органа надзора - фискалатуры.
Провинциальная реформа 1719 г. способствовала обособлению административных, фискальных и судебных органов, вводила коллегиальный принцип принятия решений. Управление стало иметь в основе не обычай, а нормы права, приобрело бюрократический характер. Отразились эти начала при организации управления в городе, где с этих пор получает развитие сословное самоуправление, снижается влияние служилых людей. Однако в управлении сословием государственных крестьян принципиальных изменений не происходит, по-прежнему государство руководит этой социальной группой через казенных приказчиков. Нужно подчеркнуть, что преобразования начала XVIII в. в Сибири проводились с учетом специфики региона и, как следствие, здесь имелись отступления в стремлении создать унифицированную систему губернского управление в формирующейся империи, что нашло свое отражение в дальнейшем в «Инструкции» сибирскому губернатору 1741 г.