Большинство ферментов являются катализаторами кислотно-основного типа, так как они ионизируют нейтральную молекулу субстрата, внедряя или отщепляя протон. При этом возникает активный промежуточный катион или анион. В зависимости от вида катализатора различают несколько типов кислотно-основных реакций.