Травна система рептилій схожа з травленням земноводних. Шлунок плазунів має товсті м'язові стінки. Між тонкою і товстою кишкою у плазунів розташовується слаборозвинена сліпа кишка. Велика печінка рептилій містить жовчний міхур. Є також підшлункова залоза, розташована в петлі дванадцятипалої кишки.
Більшість плазунів - хижаки.