1) Стебли. У папоротников от корневища отходит сразу несколько вай (стеблей, котороые одновременно очень похожи на длинные и широкие листья). У хвощей стебель представлен одним отходящим прямостоячим древовидным отростком по периметру которого растут листья.
2) Спорофит. У Папоротниковых спорангии размещаются на нижней поверхности вай. У Хвощей спорофит развивается на размещенной сверху коробочке.
3) Корни. У папоротников корни поверхностно расположенные и подразделяются на вегетативные и придаточные. У хвощей имеется сильно развитое центральное корневище и придаточные корни