Alisher Navoiy 13—14 yoshlarida otasi hayotdan ko‘z yumadi. Uni Abulqosim Bobur o‘z tarbiyasiga oladi, katta badiiy iste’dodi uchun g‘oyat e’zozlaydi. 1456 yil oktyabrda mamlakat poytaxti Hirotdan Mashhadga ko‘chiriladi, Abulqosim yosh Alisherni ham, o‘z xizmatida bo‘lgan Husayn Boyqaroni ham Mashhadga olib ketadi. 1457 yilning bahorida to‘satdan Abulqosim Bobur ham vafot etdi. Alisher Navoiy uchun bu, otasi vafotidan keyingi, ikkinchi og‘ir judolik bo‘ldi. U Mashhad madrasalaridan birida o‘qishini davom ettiradi. Do‘sti Husayn Boyqaro esa Marv va Chorjo‘y tomonlarga omad qidirib ketadi. Xurosonni temuriylarning yana bir vakili, Movarounnahr hukmdori Sulton Abu Said egalladi va poytaxtini Samarqanddan Hirotga ko‘chiradi. Husayn Boyqaroning taxtni egallash yo‘lidagi birinchi raqibi — Abu Said edi.
Alisher Navoiy oilasining xohish-rag‘bati Husayn tomonda bo‘lib, bu avvalo ularning oilaviy yaqinliklari bilan izohlanardi; bundan yangi hukmdor ham yaxshi xabardor edi. O‘rtadagi bu vaziyat Alisher Navoiy hayotini murakkablashtirgan. Alisher Navoiy Mashhadda oddiy bir mullavachcha sifatida yashadi. Shoirning bu davrdagi ijodida o‘z yurtini sog‘inib yozgan g‘azallari talaygina. Orada, xususan, yoz fasllarida Hirotga borib-kelib ham turgan. 1463 yilda esa u uzil-kesil Hirotga qaytdi. Biroq bu yerda ahvol o‘zgargan, shahar xarobaga aylangan edi. Xuroson poytaxtida Sulton Abu Said o‘z tartibini o‘rnatgan, muhim vazifalarga u bilan Movarounnahrdan kelgan kishilar tayinlangan, Alisher Navoiy ga yaqin kishilar quvg‘in qilingan, Husayn Boyqaro bilan birga ketgan tog‘alari — Mirsaid va Muhammad Ali urushda halok bo‘lgan, yashash uchun biron joy topish muammo edi. Alisher Navoiyning o‘sha kunlardagi ahvoli uning keyinchalik ustozi Sayyid Hasan Ardasherga Samarqanddan yozgan maktubidagi she’riy satrlarda nihoyatda ta’sirli va haqqoniy ifodalab berilgan.
Bu vaqtda mamlakatda taniqli shoir bo‘lib qolgan Alisher Navoiyni Abu Said ta’qib qilib, Hirotdan chiqarib yuboradi. Shoir Samarqandga ketishga majbur bo‘ladi. Alisher Navoiy Samarqandda 1465 yildan 1469 yilning bahorigacha yashadi, Fazlulloh Abu Lays madrasasida o‘qib, turli fanlarga oid bilimlarini yanada chuqurlashtirdi. Samarqandning ko‘zga ko‘ringan shoirlari — Shayxim Suhayliy, Mirzobek, Mavlono Xovariy, Mir Qarshiy, Harimi Qalandar, muammogo‘y Uloyi Shoshiy, olim Mavlono Muhammad Olim va boshqalar bilan hamsuhbat bo‘ldi va do‘stlashdi. Samarqand shahri hokimi Ahmad Hojibek asli hirotlik bo‘lib, Vafoiy taxallusi bilan she’rlar yozardi, u Alisher Navoiyga alohida hurmat va e’tibor bilan qaradi. Uning yordamida Alisher Navoiy davlat ishlari bilan ham shug‘ullana boshladi. U davlat ishlarini boshqarishda dastlabki tajribani shu yerda orttirdi va bu unga keyinchalik asqotdi. Alisher Navoiyning Samarqanddagi siyosiy va davlat faoliyati yuqori baholanib, unga «Chig‘atoy amiri» unvoni berilgan.