Местоимение имеет два значения: "вы"как множественное число и "Вы" как признак официоза. Оба эти варианта не применимы к Богу.
Бог, хоть и многолик, но представляет собой единую образующую силу. Он един со всем живым и неживым в этим мире, потому что это его творения и часть его одновременно.
Уважительное местоимение не годится по той причине, что создает эффект превосходства, дистанцирует. Верующий человек стремится к единству с Богом, а не к почитанию.