Сера - простое вещество. Оно имеет свои физические и химические свойства, его характеризующие.
Сера S - химический элемент. Вид частиц с определённым зарядом ядра. У него нет ни физических, ни химических свойств.
Сера - атом S. Положительно заряженное ядро, вокруг которого движутся электроны. Атом электронейтрален. Ни химических, ни физических свойств у атома нет.
Совокупность атомов серы, образующих определённую структуру, называют молекулой. Молекулы соединяются в простое вещество - серу.