Родился 12 ноября 1833 г. в Петербурге.
Внебрачный сын князя Л. С. Гедианова, отчество и фамилию получил от камердинера князя — Порфирия Бородина.
В 1850 г. он поступил в Петербургскую медико-хирургическую академию, которую блестяще окончил в 1856 г. Научная карьера складывалась успешно. В 1858 г. Бородин получил степень доктора медицины, в 1864 г. стал профессором, в 1874 г. заведующим кафедрой химии Медико-хирургической академии, в 1877 г. — академиком.
В 1867 г. Бородин написал Первую симфонию.Она принесла ему известность как композитору.
После успеха Александр Порфирьевич начал работать сразу над двумя крупными сочинениями — Второй симфонией («Богатырская», 1876 г.) и оперой «Князь Игорь» на сюжет «Слова о полку Игореве». Работа над оперой затянулась на целые 18 лет.Произведение так и не было закончено.После смерти автора ее дописали по оставшимся материалам.
Умер 27 февраля 1887 г. в Петербурге