После города река выходит на обширную заболоченную низменность. Течение практически исчезает.Вологда впадает в , называемая окольной сухоной, соединяющая Вологду и Лежу .Вологда судоходна от впад Сухону в нескольких сотнях метров выше устья Лежи.За два киллометра до устья от Вологды отходит боковая протока ения Тошни.
Вологда берёт начало в лесистом районе к северо-западу от города Вологды.Течение в верховьях довольно быстрое,русло извилистое.Общее направление течения реки-на восток .В северо-западных пригородах Вологды река принимает свой крупнейший приток- Тошню