По морфологическим признакам
Голосеменные
Большинство голосеменных вечнозеленые, одно- или двудомные растения с хорошо развитыми стеблем и корневой системой, образованной главным и боковым корнями.
Листья голосеменных значительно отличаются от других групп растений не только по форме и размерам, но и по морфологии и анатомии. У большинства видов они игловидные или чешуевидные; у отдельных представителей они крупные (например, у вельвичии удивительной их длина достигает 23 м ). Листья располагаются поодиночке, по два или несколько в пучках.
Покрытосеменные
Наиболее характерно для них наличие пестика, образованного одним или несколькими плодолистиками. Так же для покрытосеменных характерны: восьмиядерный, или производный из него, зародышевый мешок, рыльце у пестика, улавливающее пыльцу, и для подавляющего большинства – более или менее типичный цветок с околоцветником. За небольшими исключением, все покрытосеменные растения имеют корень, стебель и листья.
Кроме того, на стебле и на его разветвлениях расположены цветки.
По анатомическим признакам
Голосеменные
У голосеменных развиты только трахеиды, а сосуды встречаются крайне редко.
Покрытосеменные
Для покрытосеменных характерно наличие настоящих сосудов.
По способу оплодотворения
Голосеменные
Оплодотворению у голосеменных предшествует опыление. Для них характерна анемофилия (опыление ветром). Пыльца переносится ветром на женские шишки и удерживается каплями смолы, выделяемой семяпочкой рядом с микропиле. Пыльца при подсыхании смолы затягивается в пыльцевую камеру, находящуюся под пыльцевходом. Затем она начинает прорастать за счет проталлиальных клеток, образующих пыльцевую трубку, по направлению к архегониям. Из антеридиальной клетки образуются 2 сперматозоида или спермия, которые передвигаются по пыльцевой трубке. Достигнув архегония, один сперматозоид сливается с яйцеклеткой, судьба второго может быть различной, но после оплодотворения развивается обычно только один зародыш.
Покрытосеменные
Оплодотворение у покрытосеменных, так же как и у голосеменных предшествует опыление. Наиболее характерно для них наличие пестика, образованного одним или несколькими плодолистиками, сросшимися своими краями, так что в нижней части пестика образуется замкнутое полое вместилище – завязь, в которой развиваются семяпочки. После оплодотворения завязь разрастается в плод, внутри которого находятся развившиеся из семяпочек семена (или одно семя).
Кроме того, для покрытосеменных характерны: восьмиядерный, или производный из него, зародышевый мешок, двойное оплодотворение, триплойдный эндосперм, образующийся только после оплодотворения, рыльце у пестика, улавливающее пыльцу, и для подавляющего большинства – более или менее типичный цветок с околоцветником.