С 16века начинается острое политическое противостояние церкви и светского государства. Усилившись экономически, став крупнейшим землевладельцем, церковь стала претендовать на принятие самостоятельных независимых решений. Светская власть в лице великих князей вынуждена была искать зачастую компромиссные пути. В середине 16в. решалась и другая задача — независимости русской церкви от константинопольского патриарха, которому она подчинялась со времен христианизации Руси. Вместе с тем возникла угроза проникновения в русские земли католичества.