Будова гена про-і еукаріот однаково. Ген еукаріот так само, як і у прокаріот функціонує тільки спільно з регуляторними зонами. Але такий тандем у еукаріот не називається опероном. Ген еукаріот являє собою в основному кодує частина ДНК, а регуляторні зони не кодує ДНК.
Кодуюча частина гена складається з:
а. Екзонів.
б. Інтронів.
Регуляторні ділянки гена містять:
а. Стартовий кодон – сайт (місце) початку транскрипції.
б. Термінатор – сайт закінчення транскрипції.
в. Лідерну послідовність.
г. Трейлерну послідовність.
д. Промотор.
е. Контролюючі зони розташовуються поблизу від обслуговуваного гена.
ж. Модулятори розташовуються далеко від гена.
Кодуюча частина гена еукаріот має кілька істотних відмінностей від аналогічної області прокаріот:
1. Кодує область представлена не декількома генами, а одним. Кожен ген у еукаріот має свою регуляторну область.
2. Якщо в генах прокаріот не кодують ділянки практично відсутні, то ген еукаріот має мозаїчну будову - в ньому чергуються ділянки, що несуть інформацію про послідовність амінокислот в білку і не несуть її. Ділянки, що несуть інформацію носять назву екзони, що не несуть називаються інтрони. Число інтронів у різних організмів по-різному.