Основными проблемами Северо-Кавказского экономического района являются: решение межнациональных и социальных проблем региона, тонкая, хорошо взвешенная национальная политика на высшем государственном уровне, комплексное развитие аграрно-промышленного комплекса, защита земельных и почвенных ресурсов от ветровой, водной и химической эрозии, проблема использования водных ресурсов, защита морских вод от загрязнения, развитие морского и портового хозяйства, развитие курортного хозяйства.
Решение межнациональных этнических проблем лежит в области урегулирования межнациональных конфликтов, путем достижения политической стабильности в данном регионе.
Большая часть социальных проблем также лежит в политическом измерении, а экономическое процветание возможно в случае урегулирования данного кластера вопросов.