Официально Миссури начинается в месте соединения рек Джефферсон и Мадисон в парке штата Исток Миссури, вблизи городка Три-Форкс (Монтана). Галлатин впадает в неё всего в 1,6 км ниже по течению. Затем Миссури протекает через водохранилище Каньон-Фэрри, к западу от части Скалистых гор, известной как Большой пояс.