Ложе океана занимает самую большую часть его дна. Оно пересечено многочисленными поднятиями, отделенными друг от друга обширными зодводными котловинами. Среди подводных возвышенностей выделяется система Срединно-Индоокеанских хребтов, три ветви которых расходятся из района острова Родригес. На северо-запад отходит Аравийско-Индайский хребет, на юго-запад — Западно-Индийский хребет, переходящий далее в Африкано-Антарктический, на юго-востоке — Центральный, который затем продолжается Австрало-Антарктическим поднятием. В восточной части океана почти по меридиану вытянут Восточно-Индийский хребет. На юге от острова Кергелен к Антарктиде подходит хребет Кергелен. В разных районах океана прослеживается много небольших поднятий. Крупные и менее значительные подводные возвышения разделяют океаническое ложе на различные по размерам и глубинам котловины. К ним относятся: Оманская, Аравийская, Сомалийская, Коморская, Маскаренская, Мадагаскарская, Крозе, Западно- и Южно-Австралийская и др. К краевому глубоководному Зондскому желобу приурочена максимальная глубина Индийского океана (7130 м). Главные особенности рельефа океанского дна выявлены в основном в последние 10-15 лет.