Некоторое время он сидел,(1) затаив дыхание,(2) не зная,(3) что делать.
(1) - обособленное обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом.
(2) - обособленное обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом ( одно заканчивается, другое начинается )
(3) - обособленное обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом ( закончилось ), еще тут перед что обязательно нужна запятая.