История создания описана в самом же рассказе "Чудесный доктор".
Автор написал услышанную им историю, которая произошла много лет назад на самом деле. Если рассказ написан в 1897, то история выходит произошла примерно в 1867 году.
Бедной семье помог незнакомец. И это неудивительно, ведь тот человек, которого Мерцалов встретил в саду, - известный русский врач-хирург Н. И. Пирогов, сам когда-то выучился на врача благодаря чужой помощи. Он немедленно пошел к Мерцалову осмотреть его дочь, назначил лечение, оставил деньги. Затем позже семья узнала, кто им помог.
Один из сыновей Мерцалова - Григорий (автор изменил имена) - поведал эту необычную историю Куприну. Для них Пирогов остался чудесным доктором. Да и не только для них. Сколько еще подобных историй, в которых участвовал доктор, мы не знаем