Наиболее крупные реки Дунай и его притоки Сава и Драва впадают в Черное море. К Адриатике по узким ущельям стекают немногочисленные реки, образуя огромное количество водопадов. Воды Адриатического моря у Хорватского побережья чисты и прозрачны, так как горные реки не несут в него ил и песок.
Самое большое озеро Хорватии - Вранско (30, 7 км2). Туристов привлекают живописная цепочка из 16 Плитвицких озер, которые сливаются с рекой Корана, Красное и Синее озера около Имотски, пресноводное озеро на острове Црес. В Горском Котаре раскинулись искусственные озера - Локве и Байер. Озеро Копачево и заболоченные места вокруг него населяет множество птиц. Здесь находится крупнейший орнитологический заповедник Европы Копачки-Рит.