Реку Енисей делят на три части, каждая из которых имеет свой характер течения. Это верхний Енисей, средний и нижний.
Верхний Енисей начинается от места слияния Бий-Хем и Ка-Хем и заканчивается около устья реки Туба. Его течение сравнимо по характеру с горной рекой, быстрое и шумное. Речная вода на пути в 280 км прорезает Западную часть Саянских гор и образует узкую долину, которая в некоторых местах не превышает 100 метров в ширину. По течению Верхнего Енисея возникло 6 больших порогов, наиболее известный среди которых Большой порог. Ширина реки в этом месте не превышает 75 метров. Вода в Верхнем Енисее течет со скоростью 25-40 км/ч. На этом участке река имеет три притока Хемчик, Кантегир и Ус.
Средний Енисей расположился между устьем реки Абакан и реки Ангара. На этом участке река изменчива, то равнинная, то горная. Протекая по Минусинской котловине, течение в некоторых местах замедляется, и образуются островки длинной 5-8 км. Горный характер Енисей приобретает, пересекая Восточный Саян. В этом месте происходит сужение речной долины, и вода несется в каменистом русле с большой скоростью. Между Ангарой и Красноярском находится наиболее известный порог Среднего Енисея – Казачинский. Средний Енисей имеет множество притоков. Среди них выделяется Бирюса. Скалистые берега этой реки имеют множество пещер, в которых были обнаружены предметы обихода древних поселенцев. Исследователи находили в них даже кости мамонтов.
Нижний Енисей расположен от места, где в него впадает река Ангара. Именно с этой точки начинается великий и могучий Енисей, который привлекал взоры путешественников. Долина реки здесь доходит до 15 км. Ширина русла Енисея составляет 3-4 км, а глубина 10 – 15 м.
Самыми крупными притоками Енисея считаются Турухан, Елогуй, Касс, Кемь, Сым, Ангара, Нижняя и Подкаменная Тунгуска. Более 50% всего водного стока Енисея приходится на три притока: Ангара, Нижняя и Подкаменная Тунгуска.
Устье реки Енисей находится в месте впадения реки в Енисейский залив Карского моря. Русло реки в низовьях достаточно глубокое, а мели в этом районе не значительны, что позволяет перемещаться глубокосидящим морским судам.