Я - последняя буква в алфавите потому что она самая громкая и голосистая. После долгово перебирания УФХЦЧШЩ... Все это нужно было закончить громким звуком, вот так мне кажется и придумали Я.
В поговорке "Я - последняя буква в алфавите" Имеют в виду что такие высокомерные люди как те, к которым обращаются должны знать, что таким поведением они всегда будут последними.