В 16 веке в России существовало около 500 монастырей. Некоторым из них принадлежали обширные земли.
Объединяя русские земли князья ограничивали налоговые льготы церкви и подчиняли настоятелей монастырей по своему суду по светским делам. Однако светская власть еще не имела надежного аппарата управления страной и нуждалась в поддержке церкви.
Василий 3 покровительствовал Иосифу Волоцкому и вышедшему из его обители митрополиту Даниилу. Митрополит разрешил ему развод с первой женой и оправдал расправы князя с политическими противниками. Иосиф провозглашал божественный характер власти государя, утверждал, что является высшим судьей в светских и церковных делах и его суд «не посуждается».
Российские государи в 16 веке выступали покровителями православия. В Москву приезжали греческие, сербские монахи, посланцы находившиеся под властью турецких властью православных иерархов Востока.