Город Томск строился летом 1604 года по просьбе князька Тояна на его землях по мысу Воскресенской горы над рекой Томью соединенным отрядом служилых людей под командованием Г. Писемского из Сургута, В. Тыркова из Тобольска и Д. Юрьева из Тюмени (см. Приложение). Однако первое русское ясачное зимовье здесь появляется уже в конце XVI – самом начале XVII веков. Строительство города было закончено 27 сентября 1604 года. Томская крепость была выполнена в технике «городней», поставленных четырехугольником. Общая длина городских стен достигала 98 саженей. Высота стен доходила до 6,5 метров. По углам стояли 4 глухих башни. На северной и южной городовой стене находились проезжие башни, высота которых колебалась от 13 до 22 метров. В городе находились воеводский двор, съезжая изба, житницы, амбары и Троицкая церковь, срубленная в 1606 году.
В 1609 году к северной городовой стене был прирублен острог7 «в трех стенах». Общая длина острожных стен составляла 604 сажени и 2 аршина. В двух углах передней, северной, стороны острога поставлены две глухие, а посередине между ними - проезжие башни. Общая площадь города и острога достигала около 4,1 га.
В 1634 году был построен новый острог по посаду по обе стороны реки Ушайки, где жила основная масса горожан, так называемый «Нижний острог». В 1639 и 1643 годах Томск сильно выгорел.
К 1652 году было закончено строительство новых городских укреплений, общий вид которых дошел до нас в реконструкции В.И. Кочедамова. По ней Томск также делился на город и острог, площадь которых была уже примерно одинаковой. Городовые стены также были выполнены в технике городней, по углам стояли глухие башни. Кроме того, проезжие башни находились на северной, южной и западной сторонах.