За походженням виокремлюють головний і бічні пагони. Головним називають перший пагін рослини, який розвивається із зародкового пагона насінини. Пагони, які утворюються на головному, називаються бічними. Залежно від функцій пагони поділяють на вегетативні та репродуктивні. Вегетативні пагони виконують основні життєві функції рослини (дихання, живлення, виділення тощо), а репродуктивні – здійснюють розмноження. За довжиною міжвузль пагони можуть бути видовженими (наприклад, плодові пагони яблуні) і вкороченими (наприклад, безплідні пагони яблуні).