В июле 1883 года Скотт покинул учебный корабль «Britannia» в звании мичмана, седьмым из 26 учащихся в общем зачёте[10]. В октябре он был уже на пути в Южную Африку, чтобы продолжить службу на флагмане Эскадры Мыса «HMS Boadicea», первом из нескольких кораблей, на которых Скотт служил в звании мичмана. Во время службы на «HMS Rover», будучи дислоцированным на островах Сент-Китс Вест-Индии, Скотт впервые встретился с Клементом Маркэмом, тогда секретарём Королевского географического общества, занимавшимся в то время поиском потенциально талантливых молодых офицеров с целью проведения ими в будущем научно-исследовательских полярных работ. Скотт был приглашён в качестве гостя совершить плавание на флагманском корабле учебной эскадры, и утром 1 марта 1887 года, наблюдая за шлюпочной гонкой, Маркэм обратил внимание на юного 18-летнего мичмана, выигравшего гонку. Роберт Скотт по этому случаю был приглашён на обед к командиру эскадры. Позже Маркэм вспоминал, что был впечатлён сообразительностью, энтузиазмом и обаянием молодого человека[11].
Флагман Эскадры Мыса «HMS Boadicea»
В марте 1888 года в Королевском военно-морском колледже в городе Гринвич Скотт сдал экзамены на младшего лейтенанта, с четырьмя сертификатами первого класса из пяти[12][13]. Его карьера двигалась плавно, и, после службы ещё на нескольких судах, в 1889 году Скотт получил звание лейтенанта. В 1891 году после длительного плавания в иностранных водах Скотт прошёл двухлетний минно-торпедный учебный курс на судне «HMS Vernon», что стало важным шагом в его карьере. Он получил сертификаты первого класса как по теории, так и по практике. Однако вскоре на репутации Роберта появилось небольшое тёмное пятно: летом 1893 года, управляя торпедным катером, Скотт посадил его на мель, за что получил серию мягких упрёков от командования[14].
Во время изучения и сравнения биографий Скотта и Руаля Амундсена полярный историк и журналист Роланд Хантфорд исследовал возможный скандал в ранней военно-морской карьере Скотта, связанный с периодом 1889—1890 годов, когда тот был лейтенантом на «HMS Amphion». Согласно Хантфорду, Скотт исчезает из военно-морских отчётов на восемь месяцев, с середины августа 1889 до 26 марта 1890 года. Хантфорд намекает на связь Скотта с замужней дочерью американского посла и последующее прикрытие этого факта высокопоставленными офицерскими чинами, чтобы сохранить честь Королевского флота[15]. Биограф Дэвид Крэйн уменьшает недостающий период до одиннадцати недель, но также ничего более прояснить не способен. Он опровергает предположение о прикрытии Скотта высшим офицерским составом на том основании, что Скотт не имел тогда достаточного авторитета и связей, чтобы это могло произойти[16]. Документы, которые могли бы дать объяснения, в отчётах Адмиралтейства отсутствуют[15][16].