Енисей — важнейший водный путь Красноярского края. Регулярное судоходство — от Саяногорска до устья (3013 км). Основные грузопотоки идут от Красноярска до Дудинки. Главные порты и пристани: Абакан, Красноярск, Стрелка, Маклаково, Енисейск, Туруханск, Игарка, Усть-Порт. До Игарки поднимаются морские суда. Для проводки судов из нижнего бьефа Красноярской ГЭС в верхний построен уникальный судоподъёмник. В Республике Тува на Енисее местное судоходство (главная пристань Кызыл).
Гидроэлектростанции (расположение вниз по течению): Саяно-Шушенская ГЭС, Майнская ГЭС, Красноярская ГЭС.
По Енисею осуществляется сплав леса в плотах.
В конце XIX века был построен Обь-Енисейский канал, соединивший Обь с Енисеем. В настоящее время канал не используется и заброшен.