В строении скелета, мускулатуры, органов пищеварения, дыхания, кровообращения, выделения между млекопитающими и пресмыкающимися заметно значительное сходство. В покровах млекопитающих легко обнаружить признаки, общие с пресмыкающимися (роговые чешуйки на хвосте некоторых млекопитающих, наличие когтей) . Первозвери, подобно пресмыкающимся, имеют клоаку. Они, как и пресмыкающиеся, откладывают яйца. Все эти перечисленные сходные черты между пресмыкающимися и млекопитающими говорят о родстве между этими классами позвоночных. Крокодилы например имеют в сердце неполную перегородку, поэтому считается, что в у него в сердце 4 камеры, как и у млекопитающих, только у млекопитающих полная перегородка.
Отдельные стадии развития зародышей пресмыкающимися и млекопитающих имеют сходное строение. Такое сходство свидетельствует о родственных отношениях между пресмыкающимися и млекопитающими.