В протерозойской эре жизнь продолжала существовать преимущественно в море. Господствуют уже не синезеленые, а эукариотические многоклеточные зеленые водоросли. У них появляется расчленение тела, обеспечивающее большую поверхность всасывания воды и растворенных веществ.
Остатки фауны этой эры малочисленные, но уже существовали все типы беспозвоночных. Важным ароморфозом в развитии животных является появление двусторонней симметрии. С ней связана дифференцировка тела на передний и задний конец, спинную и брюшную стороны. На переднем конце концентрируются органы чувств, нервные узлы, а у имеющих более высокую организацию — головной мозг.
В эту эру в результате идиоадаптаций от древнейших многоклеточных, ведших ползающий образ жизни и потому приобретших двустороннюю симметрию, произошли плоские черви и круглые черви.Благодаря новым ароморфозам и идиоадаптациям от каких-то потомков древнейших животных, обладающих двусторонней симметрией, произошли моллюски и кольчатые черви.
В родстве с кольчатыми червями находятся членистоногие. Также от древнейших животных с двусторонней симметрией произошли иглокожие и хордовые, имеющие между собой ряд сходных признаков, выражающихся в характере развития, характере образования скелета, строении кожи и отличающихся по этим признакам от других типов животных. В протерозое появились и древнейшие хордовые — бесчерепные. Их представитель в современной фауне — ланцетник.
На суше во влажных местах могли обитать бактерии, синезеленые водоросли, животные типа простейших. Они были первыми почвообразователями.