Животное занесено в Красную книгу. Распространён малый подковонос в Предкавказье и на Сев. Кавказе (от Черноморского побережья Краснодарского края до Дагестана). Вне России - Европа (от Ирландии до Молдавии и юга Украины, Средиземноморье, Сев. Африка, Передняя и Средняя Азия и сев.-зап. Гималаев).
Населяет предгорья и средний пояс гор до высоты 2000 м и равнинные районы, с разной степенью опустыненности и наличием карстовых пещер. Может осваивать антропогенные ландшафты при наличии подходящих убежищ. Населяет естественные и искусственные подземелья, скальные трещины и т. п., в антропогенном ландшафте - постройки человека. Летом образует в этих убежищах небольшие выводковые колонии (по нескольку десятков особей). Рождает одного детёныша в конце июня-начале июля и выкармливает его 4-5 недель. Половой зрелости большинство особей достигает на втором году жизни.
Дальних сезонных миграций малый подковонос не совершает. Средняя продолжительность жизни менее 3 лет.
Численность малого подковоноса на территории России была оценена примерно в 2-5 особей/кв. км. При расчете на площадь, потенциально доступную для обитания малого подковоноса, его численность на территории России была оценена в 80-100 тыс. особей.