Поверхностные воды области занимают 45 % ее территории. Здесь берут начало многочисленные притоки речных систем Днепра и Дона. Общая длина речной сети - 5000 км. Три самых крупных реки - Оскол, Ворскла и Северский Донец - имеют протяженность свыше 100 км каждая.
Отличительная особенность территории заключается в том, что практически все водотоки области могут быть отнесены по существу к малым рекам. Исключение составляют только реки Оскол, Псел, Ворскла, Тихая Сосна и Северский Донец.
В пределах области объем среднегодового стока в среднем составляет 2,7 км3, в средне засушливые годы (75% обеспеченности) - 2,0 км3 , а в очень маловодные годы (95% обеспеченности) объем среднегодового стока снижается до 1,3 км3, то есть в 2 раза меньше среднемноголетних значений. Для районов, расположенных восточнее р. Оскол, среднегодовой сток почти в 2 раза меньше, чем для районов, расположенных западнее.
В области, кроме двух крупных водохранилищ - Старооскольского на р. Оскол и Белгородского на р. Северский Донец, имеется более 1100 прудов и водохранилищ. Наиболее крупные из них: Старооскольское на р. Оскол объемом 95 млн. м3; Белгородское на р. Северский Донец объемом 76 млн. м3; Корочанское на р. Короча объемом 6,8 млн. м3; Ураевское на р. Ураева объемом 8 млн. м3. Они предназначены для производства товарной рыбы, полива сельскохозяйственных культур, обеспечения водой промышленных предприятий, являются местами культурного и спортивного отдыха населения.
Основными источниками загрязнения поверхностных вод являются предприятия жилищно-коммунального хозяйства, общее количество сточных вод которых составляет 80%.
Подземные воды, в основном, приурочены к среднедевонским, верхнедевонским, юрским и меловым отложениям на северо-востоке области и к нижнекаменноугольным, юрским и неоген - палеогеновым на юго-западе.
Подземные воды до глубины 500 м пресные и слабо-пресные встречаются, также солоноватые и слабосолоноватые. Подземные воды на территории области являются источником водоснабжения. На состояние подземных вод оказывают существенное влияние предприятия горнорудной, химической и биохимической, сахарной и мясомолочной промышленности, а также животноводческие комплексы и птицефабрики.
Воды сеноман-альбского водоносного горизонта за пределами влияния крупных предприятий остаются достаточно высокого качества. Наименее подвержены загрязнениям водоносные комплексы батского и келовейского ярусов, каменно-угольных и палеозойских отложений, защищенных от внешнего воздействия достаточно мощной толщей водоупоров.