Нафанаил вытянулся во фронт и инстинктивно, по рефлексу застегнул все пуговки своего мундира.
В данном предложении лишним словом может быть или "инстинктивно", или "по рефлексу", так как по сути они имеют одно и то же значение.
Возможны два варианта:
1. Нафанаил вытянулся во фронт и инстинктивно застегнул все пуговки своего мундира.
2. Нафанаил вытянулся во фронт и по рефлексу застегнул все пуговки своего мундира.