Отношения с работодателем по трудовому договору регулируется Трудовым кодексом, а отношения с нанимателем по договору ГПХ - Гражданским кодексом.
Поэтому различия существенны. При гражданско-правовых отношениях не ведется трудовая книжка, исполнитель работ не подчиняется внутреннему распорядку, не имеет постоянного рабочего места. Никаких гарантий не дает гражданско-правовой договор в случае, когда работник получил травму на производстве. Не оплачивается б/л, не предоставляется отпуск, не выплачивается выходное пособие и пр. гарантии предусмотренные ТК РФ. Оплата труда производится после выполнения конкретной работы.
При трудовых отношениях работник наиболее защищен. Ему гарантирована оплата труда 2 раза в месяц и предоставляются все социальные гарантии, компенсации и льготы предусмотренные ТК РФ.