В самом начале Великой Отечественной войны, 2 июля 1941 года Совет Народных Комиссаров СССР принял постановление об эвакуации в Омск Московского авиационного опытно-конструкторского завода № 156 и Тушинского авиационного завода № 81. Вместе с предприятиями в город было эвакуировано конструкторское бюро НКВД – ЦКБ № 29, в составе которого было несколько конструкторских бюро, одним из которых руководил авиаконструктор Андрей Туполев. ЦКБ-29 выехало в Омск в конце июля 1941 года, и через десять дней эшелон прибыл к месту назначения. Это ЦКБ, известное еще как «туполевская шарашка» (или «туполевская шарага») состояло из инженеров, каждый из которых мог быть гордостью любого мирового технического института, но в Омск часть специалистов привезли под конвоем. Разместили заключенных «шарашки» в небольшом двухэтажном здании по адресу: 2-я Транспортная улица, 24 (по этому адресу сегодня располагается Детская поликлиника № 5). Дом находился, по тогдашним меркам, на окраине города, был обнесен забором и имел свою проходную. Первый этаж занимала охрана, а на втором в маленьких комнатах на три-четыре человека жили заключенные инженеры. Среди них был и 34-летний Сергей Королев.За три года до этого, 27 июня 1938 года старший инженер Реактивного научно-исследовательского института Королев был арестован, и через два месяца, по разным версиям, под пытками или из желания спасти членов своей семьи от ареста, признал все обвинения, предъявленные ему по небезызвестной 58-й статье УК РСФСР. Приговоренный к 10 годам заключения, Королев попал на Колыму, где находился на золотом прииске Мальдяк Западного горнопромышленного управления и был занят на так называемых общих работах, но при этом продолжал доказывать в письмах к руководству страны свою невиновность и даже смог добиться пересмотра дела и сокращения срока на два года. Неизвестно, как сложилась бы дальнейшая судьба Королева и история освоения космоса, если бы о своем ученике не вспомнил, также на тот момент репрессированный, руководитель закрытой «шарашки» НКВД Андрей Туполев. Когда Туполеву приказали создать пикирующий бомбардировщик, то он поставил условие, что ему дадут людей из его списка. В этом списке была и фамилия Сергея Королева. Будущий главный конструктор был переведен в Москву в ЦКБ-29.Лично знавший Королева ветеран омского «Полета» Лев Степаненко вспоминал: «Начинался серийный запуск Ту-2… В ведении Королева (который был начальником фюзеляжного цеха. – С. Н.) было большое хозяйство. Я обращался к нему с дефектными ведомостями. При запуске любой новой машины это обычное дело. Ведь технологические процессы еще не были полностью отработаны. Сергей Павлович был очень выдержанным человеком и моментально улавливал суть проблемы. А дальше давал указания рабочим устранить недостатки… Ни для кого не являлось секретом, что Королев находится под арестом. С ним постоянно ходил конвой. Но неприязни или подозрительности это не вызывало. Все понимали, что человек попал в беду. И не по своей воле. Таких арестантов было очень много».
Люди, лично общавшиеся с Сергеем Королевым в этот период, в один голос говорили о том, что уже тогда конструктор был одержим идеями, которые еще не могли достойно оценить даже его коллеги – лучшие авиаконструкторы страны. Рабочий день военного времени – 12 часов в сутки — не заканчивался для Королева и после 14-15 часов. Лампочка в его кабинете горела до глубокой ночи, а любую свободную минуту он тратил на создание каких-то странных схем, которые в творческом порыве мог чертить на стене возле своей кровати в комнате здания на 2-й Транспортной. И весьма возможно, что будущая космическая эра человечества рождалась в этих набросках, на серых стенах арестантского дома на окраине Омска.Как ни парадоксально, но даже при рабочем графике в 16 часов Сергея Королева в Омске никто не видел невыспавшимся. Более мягкие условия заключения в «шарашке», в отличие от Колымы, позволили заключенному Королеву носить помимо арестантской робы и строгий черный костюм с галстуком. Именно в таком виде будущий отец советской космонавтики любил ходить на работу, выглядел всегда подтянутым и собранным.э
После успешной проверки Ту-2 во фронтовых условиях в создании которого участвовал Сергей Королев, он также инициативно работал над проектами управляемой аэроторпеды и нового варианта ракетного перехватчика. Эти разработки послужили поводом для перевода Королева в 1942 году в другую закрытую организацию лагерного типа – ОКБ НКВД при Казанском авиазаводе № 16. В 1944 году Сергей Королев был досрочно освобожден, а в 1946-м назначен Главным конструктором Особого конструкторского бюро № 1. На протяжении последующих 20 лет все освоение космоса шло при его непосредственном участии и руководстве.