Смута стала испытанием для церкви. Духовенство с Игнатием поддержало Лжедмитрия 1. Большинство священнослужителей показали служение Отечеству.
В Москве, поляки разграбили церковную утварь, уничтожили около 450 церквей в Москве. Убивали служителей церкви, брали их в заложники. Пленными оказались московский и ростовский митрополит. Это укрепило духовные силы.
В 1619 году возвратился в Москву Филарет. За него голосовали участники церкви.
Филарету удалось укрепить авторитет и власть у Михаила Фёдоровича.
Многие церковные вопросы так и не были решены.