В начале 49 года до н. э. начал гражданскую войну из-за непримиримых разногласий с сенаторами по вопросам о деталях своего возвращения в Рим и о гарантиях судебной неприкосновенности за должностные преступления (подкупы на выборах, взятки должностным лицам, нарушение договоров, насильственные действия и другие нарушения). В течение четырёх лет сторонники сената, сгруппировавшиеся вокруг Помпея, были разбиты Цезарем в Италии, Испании (дважды), Греции и Африке, также им были разбиты войска правителей Египта и Понта.
Придерживался политики милосердия, но в то же время казнил ряд своих ключевых оппонентов. Добившись полной победы над противниками, сконцентрировал в своих руках власть консула и чрезвычайные полномочия диктатора (в конце концов — в виде пожизненной должности), провёл ряд реформ во всех сферах жизни общества.