У пресмыкающихся более сложная нервная система: есть зачатки коры больших полушарий, более развит мозжечок, а органы чувств приспособлены к жизни на земле – совершеннее зрение и слух, развиты органы осязания, обоняния, вкуса. У земноводных наиболее острое обоняние и практически отсутствуют вкусовые рецепторы.
Также у пресмыкающихся значительно более развиты кровеносная, дыхательная и выделительная системы. Взрослые животные обоих классов дышат легкими, однако личинки земноводных имеют жабры. Земноводные от 23% (у жаб) до 77% (у тритонов) кислорода получают через кожу, остальной воздух они заглатывают. Пресмыкающиеся полностью лишены возможности дышать через кожу, научившись вдыхать воздух в легкие.