Проблемы озера Байкал прежде всего экологические и связаны с его загрязнением.
Во-первых, выбросы в атмосферу. Вокруг Байкала расположены населенные пункты, в которых находятся различные промышленные зоны. Выбросы последних напрямую воздействуют на природу озера.
В атмосферу с предприятий попадают тонны углекислого газа и золы, которые, в свою очередь, вместе с осадками, направляются в озеро. Заводы не прекращают сброс сточных вод, тем самым увеличивая площадь загрязнения. Эрозия почвы также отрицательно сказывается на качестве пресной воды.
За последнее столетие нарушился водный баланс озера и изменилась его экосистема. Это связано с тем, что мелкие реки, впадающие в Байкал, пересыхают и снижают его ресурсный потенциал, как следствие водные массы смешиваются, разрушаются берега и места нереста оказываются в опасности.