По территории Дальнего Востока проходит часть Байкало-Амурской магистрали. Малый БАМ (от БАМа через Тынду к Беркакиту), Транссибирская магистраль, строится ветка на север от Беркакита к Якутску. По густоте железнодорожной сети выделяются Сахалинская область.
Приморский край и Амурская область (соответственно 123, 98 и 83 км железных дорог на 10 тыс кв. км территории).
Большое значение для Дальнего Востока, и прежде всего для внутренних перевозок, имеет морской транспорт.
На его долю приходятся 15% внутренних перевозок и 5—6% внешних. Велика роль Северного морского пути. В Японском и Беринговом морях морской транспорт работает практически круглогодично.