Ответ:
Это было то место,где мы останавливались на ночлег.(сложноподчинённое предл.)
Явления,которые происходят в атмосфере,изучает метеорология. (две грамматические основы,придаточное находится в главном,поэтому обособляется)
Я хочу знать не как это делается,а зачем это делается. (запятая перед "как" не ставится,т.к. перед союзом стоит отрицательная частица "не")