1) У высших споровых и семенных растений есть дифференциация клеток (они разделены по строению и выполняемым функциям).
2) Дифференцированные клетки высших споровых растений и семенных образуют полноценные ткани и органы (у мхов как у переходной формы между низшими и высшими растениями деление на ткани не особо выделяется, и отсутствует корневая система).
3) Листья у высших споровых растений растений развиты слабо (к примеру, у хвощевидных редуцированы до чешуй, у папоротниковидных представлены листоподобными органами - вайями). У семенных растений присутствуют полноценные листья. Эти вегетативные органы выполняют фотосинтезирующую и транспираторную функции.
4) У высших споровых растений присутствуют только придаточные корни (у мхов корни отсутствуют вовсе, присутствуют ризоиды, выполняющие только опорную функцию), у семенных растений уже присутствуют главный и боковые корни (главный только у двудольных). Корни выполняют функцию всасывания растворов минеральных солей из почвы, а также опорную функцию (удерживают растение в почве).
5) У высших споровых растений и семенных растений хорошо развит стебель. Он выполняет функцию транспорта органических и неорганических веществ по нисходящему току (флоэме) из ситовидных трубок и восходящему току (ксилеме) из сосудов соответственно.
6) Как и у споровых, так и у семенных растений могут быть видоизменения побегов. К примеру, хвощ имеет подземный видоизменённый побег - корневище; паслён клубненосный имеет подземный видоизменённый побег - клубень.
7) Органом бесполого размножения споровых растений является спорангий в котором созревают споры. После созревания споры высыпаются и прорастают. У папоротников присутствуют сорусы - группы скрученных спорангиев.
8) Органами полового размножения семенных растений являются цветок, семя и плод. После оплодотворения яйцеклетки и центральной клетки в завязи пестика в цветке начинается развитие семени, которое будет состоять из зародыша (развивается из яйцеклетки), запасающего вещества (развивается из центральной клетки) и семянной кожуры. Вокруг семени может образовываться плод, выполняющий функцию дополнительной защиты семени.