В Тобольске Аввакум надолго не задержался и вскоре его отправили за Лену. Когда же он приехал в Енисейск, то пришёл из Москвы другой приказ: везти его в Забайкалье с первым нерчинским воеводой Афанасием Пашковым, посланным для завоевания Даурии.
Аввакум сразу же начал находить действия Пашкова неправильными. В ответ тот рассердился и велел сбросить протопопа и его семью с дощаника, на котором тот плыл по Тунгуске. Аввакум не вытерпел и написал Пашкову послание, полное недовольства. Воевода велел привезти к себе протопопа, сначала сам избил его, а затем приказал дать ему 72 удара кнутом и потом бросить в Братский острог.
Сидел Аввакум немало времени в остроге[уточнить]. Затем его перевели на домашний арест. Весной Пашков выпустил протопопа на волю, но и на воле страшно приходилось в диких местах, где Аввакум наравне с остальным отрядом Пашкова пролагал путь: тонули дощаники, бури, в особенности на Байкале, грозили гибелью, много раз приходилось сталкиваться с голодом, от которого умерли его два сына.
Шесть лет провёл Аввакум в Забайкалье, терпя не только лишения ссылки, но и преследования со стороны Пашкова, которого он обличал в разных «неправдах».