Формально царствовал первый год своей жизни при регентстве сперва Бирона, а затем собственной матери Анны Леопольдовны. Император-младенец был свергнут Елизаветой Петровной, провёл почти всю жизнь в одиночном заключении и уже в царствование Екатерины II был убит охраной в 23-летнем возрасте при попытке его освободить.
В официальных прижизненных источниках упоминается как Иоанн III, то есть счёт ведется от первого русского царя Иоанна Грозного; в поздней историографии установилась традиция именовать его Иваном (Иоанном) VI, считая от Ивана I Калиты.