Ответ:
Прежде всего, нужно сказать, что мусульмане в России не были едины. Они составляли несколько отдельных групп, живших в разных районах огромной страны.
Многие мусульмане жили в России уже долго. Волжские татары, к примеру, были завоёваны ещё в XVI веке. Такие «традиционные» мусульмане хорошо вписались в российскую систему. На этих землях жило русское или русифицированное дворянство. Города, особенно большие, мало отличались от таковых в остальной империи. Тот же Лобачевский в Казанском университете (центре татарских земель) не встречался ни с какими национальными особенностями. Тем не менее, на протяжении веков христианизация и русификация этих земель не была насильственной, потому в деревнях сохранился самобытный ислам. Сохранился он частично и в городах. Но веками приспосабливаясь к жизни в России, местные духовные лидеры не призывали не только к сопротивлению императору, но даже не возмущались господством интересов православия в государственной политике.
Земли Средней Азии были только что присоединены к России. Приход цивилизации туда сопровождался попытками распространения туда православия и через проповеди среди местных жителей, и через приток поселенцев из центральных районов России. Православие пользовалось поддержкой на государственном уровне, потому само введение российской администрации давало ему преимущество. Однако обращение в православие не было насильственным, потому за относительно недолгое время, оставшееся до революции, местная этинческая и религиозная культура практически не пострадали. Гораздо больший удар исламу на этих землях нанесла уже советская власть.
Особое отношение было к мусульманам Кавказа. После долгой и кровопролитной войны им разрешили сохранить традиционный образ жизни, включая и исламское вероисповедание, требуя лишь лояльности. Местной администрации предписывалось не задевать горскую гордость, что означало и уважением к мусульманским традициям, хотя формально здесь были точно такие же губернии, как и по всей России, без намёка на автономию.