1) В скелете имеется костная ткань, череп костных рыб почти целиком образован костной тканью и состоит из многочисленных отдельных костей. Во внутреннем строении костных рыб — появление плавательного пузыря, жабры стали не приросшими пластинами, а отдельно свисающими лепестками, прикрытые жаберной крышкой, имеется мочевой пузырь.
2) От хордовых животных костные рыбы отличаются тем, что у них есть хорошо развитый костный или хрящекостный скелет. Кроме того, у костных рыб имеется особый орган — плавательный пузырь. Их жабры прикрыты жаберными крышками. Лучше развит головной мозг и органы чувств.
3) Боковая линия — своеобразный орган, воспринимающий направление и скорость течения воды. Она хорошо заметна у рыб сбоку и тянется от переднего конца тела до заднего.