1. Сложность структуры, обусловленная одновременным функционированием нескольких различных иерархических структур, взаимодействие между которыми не сводится к простым отношениям иерархического соподчинения. Таковы, например, структуры административно-производственного управления на предприятии, территориально-регионального и производственного управления и т.д.
2. Специфические особенности природы экономических процессов и явлений, выражающиеся во взаимодействии объективных и субъективных факторов. Например, человек является элементом производственных сил и в то же время носителем производственных отношений.
3. Свойства целостности системы (эмерджентные свойства), т. е. такие, которые не сводятся к свойствам ее элементов (подсистем), рассмотренным отдельно, вне системы, и не выводятся из них. Например, ни одно из подразделений не может выпускать продукцию, изготавливаемую всем предприятием.
4. Сложность информационных процессов, обусловленная многочисленными связями между управляющей и управляемой подсистемами.
5. Множественность целей, которые могут не совпадать с целями отдельных подсистем. Например, одним из показателей эффективности работы аппарата управления являются расходы, связанные с его содержанием. Но малочисленный аппарат управления при незначительных расходах на его содержание не обеспечивает эффективного управления предприятием, что ухудшает технико-экономические показатели работы предприятия.
6. Динамичность процессов, имеющих стохастический характер (урожайность культур, расход сырья на изготовление продукции и т.д.)