Головною проблемою по об'єднанню Лівобережжя і Правобережжя заключалась в протидії покровителів Гетьманщин, Речі Посполитої в Московського Царства, які не бажали бачити єдину козацьку державу.
Другою проблемою були розбіжності і неприязнь між гетьманами Правобережжя і Лівобережжя. Кожен з них бажав бачити тільки себе з гетьманською булавою.
Також проблемою став розгалужений вибір ватажків козацтва своїх покровителів. Так Україна стала одразу на бік трьох сильних сусідів - Речі Посполитої, Московського Царства і Османської Імперії.