Мусульманское образование было представлено мектебами и медресе. Мектебы - это учебные заведения начального типа, здесь дети учились грамоте и изучали наизусть молитвы. Учитель, который служил в то же время и муллой в ауле, нанимался из среды самих же киргизов, или на лето (уже позднее) приезжали татары из мусульманских школ. Жалование им давалось совсем незначительное, но оно пополнялось всякими побочными поступлениями, как-то: федья (пожертвования после умершего), закят (установленное исламом пожертвование части имеющегося скота от 40 овец – 1 овцу, от денежного капитала 10 % и т. д.).
Медресе считались заведениями высшего типа, все обучение в котором было направлено на религиозно-нравственное воспитание шакирдов и изучение «Корана». В медресе обыкновенно поступали пополнять свое образование аульные муллы. Таким образом, медресе служили как бы «высшими учебными заведениями», из которых выходили подготовленные учителя. Обучение было раздельным, наряду с мужскими мектебами открывались и женские. Как в мектебах, так и в медресе люди обучались по методу «кадими» (старый).
Новая административная система управления, утвержденная «Временными положениями» 1867-1868 гг., изменила позицию царизма в отношении мусульманских школ. Духовные дела казахов изымались из ведения Оренбургского духовного собрания и передавались общему гражданскому управлению, а через него — Министерству внутренних дел. Муллы избирались населением из числа российских граждан, знающих русский язык, по одному на каждую волость и утверждались областным губернатором. Запрещалось самовольное открытие и строительство мечетей, мектебов и медресе. Над мусульманскими учебными заведениями установился строгий контроль со стороны колониальных органов.