Ответ:
Я конечно не эксперт, но
Голосеменные имеют более сложное строение.
Достаточно посмотреть на плод. Если у папоротников это споры, то у голосеменных - это сложноустроенные плоды, хоть и без покрытия и замкнутого вместилища. Строения стебля или же листьев также отличаются в пользу голосеменных.