Якщо жіночі шишки знаходяться на верхівці молодого пагона, то чоловічі - у підстави. На відміну від жіночих, чоловічі шишки сосни більш дрібні, овальної форми, жовтого кольору і зосереджені в тісних групах.
Будова шишок сосни чоловічої статі: головна вісь з розташованими на ній лусочками. Нижня сторона кожної лусочки має 2 пилкових мішечка. В цих мішечках дозріває пилок, де пізніше утворюються спермії - чоловічі статеві клітини.